國內店家幾乎都已經使用二聯式發票收銀機，記帳的同時，也開立統一發票，而且因為有日結單，所以國稅局對使用二聯式發票收銀機的店家，都很信任。不過，近期一再發現，在國稅局的信任下，卻導致不少店家利用這個機會逃漏稅，南區國稅局最近發現新手法，就是開立金額為負數的發票，以減少申報營業銷售金額，但還是被國稅局給查獲了。
國稅局指出，高雄縣岡山一家超級市場，雖然依照規定開立統一發票，但國稅局發現每張發票的平均金額，只有其他同業的7、8成，國稅局認為不合理，因為每家超市賣的東西大同小異，不可能單筆平均消費金額差這麼多，因此展開最辛苦的核對發票作業。
結果發現，店家是在每天最後一張發票，打上負數金額，例如-9999，或是-3333，企圖漏報銷售金額，以為只要申報銷售額與收銀機日結單金額相符，國稅局就不會查，沒想到國稅局還真的一張一張發票核對，總計96年度的漏報銷售額是425萬多元，將補徵營業稅21萬多元，並依法處罰1倍的罰鍰，逃漏425萬元的銷售金額後，補稅加罰是42萬元。
南區國稅局表示，利用統一發票逃漏稅手法，一變再變，繼去年度首次查獲營業人利用已開立發票但短漏報銷售額方式逃漏稅捐之後，今年度又發現營業人利用開立發票負數金額的發票，藉以減少銷售額，來達到逃漏稅的目的，但結果都還是被查獲了。
先前利用統一發票逃漏稅的手法，還有以愛心發票作為逃漏稅工具的情形，那是某家連鎖咖啡麵包店，從消費者捐給弱勢團體的發票箱中，找出消費金額較高的發票作廢，以減少銷售額，達到逃漏稅的目的，這等同是侵佔了民眾要捐給弱勢團體對獎的發票，是所有逃漏稅手法中，最為惡劣的一種。
財政部已將「使用二聯式收銀行統一發票的營業人短漏報銷售額案件」，列為97年度的「營業稅選案查核」中，加強查核的對象，97年度至今，五區國稅局已經查獲3百多家營業人逃漏稅，短漏報銷售額高達5億元，補徵加罰及罰鍰高達9千萬。
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